حقیقت آن است که نظریه تکامل و منشاء گونه‌ها هنوز در حد فرضیه و نظریه هست و هیچ دلیل قطعی و یقینی برای اثبات آن وجود ندارد. لذا سؤالات و موارد مبهم بسیاری در این فرضیه به وجود می‌آید که هرکدام برای خود جایگاه ویژه‌ای داشته و قابل تأمل است و حتی بعضی از دلایل علمی را در رد این نظریه آورده اند که به بعضی از این دلایل اشاره می نمائیم:

الف ) شامپانزه ها تکامل یافته تر از انسان!!!

ب) تکامل نظریه ای اثبات نشده است

ج) فسیل‌ها تکامل را اثبات نمی‌کنند

د) هومولوژی‌” تکامل را اثبات نمی‌کند

و) زائده‌ها تکامل را اثبات نمی‌کنند

ز) چیزی به‌نام شکل ساده حیات وجود ندارد

ص) آیا اَشکال میانی وجود دارد

س) عدم قطعیت در اثبات شواهد

ط) نظم هرگز از بی‌نظمی ناشی نشده‌

ق) تصادفی استهزاءآمیز

ف) آزمایشات انجام گرفته

غ) عدم ارتباط انسانهای نئوناندرتال با انسانهای امروزی

ج) سردر گمی دانشمندان معتقد به نظریه تکامل

خ) زیست‌شناسی دارای قانون نیست

طی این مطلب موارد فوق را مطالعه و بررسی خواهیم نمود.